Alhamdulillah kurikulum yang digunakan di SMAIT Al-Musthafawiyah adalah untuk kelas X menggunakan kurikulum merdeka sedangkan untuk kelas XI dan XII menggunakan kurikulum 2013 ( K-13 ) dan di padukan dengan kurikulum kepesantrenan, yaitu Terdapat 16 mata pelajaran formal dan 5 mata pelajaran kepesantrenan ditambah 2 kegiatan Ekstrakurikuler wajib yaitu Kepramukaan serta 1 kegiatan ekstrakurikuler pilihan. Dari 16 mata pelajaran terbagi dalam kelompok-kelompok :
- Kelompok wajib A mencakup mata pelajaran : Pendidikan Agama dan Budi Pekerti, Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan, Bahasa Indonesia, Matematika, Sejarah Indonesia, dan Bahasa Inggris.
- Kelompok wajib B mencakup mata pelajaran : Seni Budaya, Pendidikan Jasmani Olah raga dan kesehatan, Bahasa Sunda, Prakarya dan kewirausahaan.
- Kelompok Jurusan/peminatan mencakup Peminatan Matematika dan Ilmu Alam : Matematika, Biologi, Fisika, dan Kimia.
- Kelompok lintas minat mencakup Bahasa Inggris dan Bahasa Arab
- Kelompok Pengembangan Diri dan Kepesantrenan : Bimbingan Konseling, Teknologi Informasi dan Komunikasi ( TIK ), Tahfidz , Sejarah Kebudayaan Islam ( SKI ), Sharaf, Nahwu.